Magallanes, Unión Temuco, Ovalle, Deportes Valdivia, Malleco Unido, Unión Quilpué, Deportes Linares, Santa Cruz , Revisora Ormazabal, Provincial Talagante y Municipal Tocopilla son los equipos que continúan en disputa en la Copa Chile 2008 - Verano 2009.
En Primera Fase, los 12 equipos clasificados se enfrentarán con los planteles de la Primera B, en un partido único en los estadios de los clubes amateurs. Aún resta por conocer al undécimo equipo que accederá a la Primera Fase, ya que se ha debido reprogramar los encuentros de ida y vuelta entre Puerto Aysén y Coyhaique, para el día 20 y 27 de julio.
La Primera Fase se conformarán parejas que se determinarán según cercanía geográfica, donde los equipos amateurs recibirán en sus estadios a los clubes de Primera B en un partido único que determinará a los clasificados a la siguiente fase.